EPOCA INCAICA.- Cuenta la historia que en el reinado de YAHUAR HUACA (El que llora sangre), se sublevaron los Charcas y los Pocras, al mando de ANCOALLO Y ASTOHUANCA, en un número de 50,000 y sitiaron el Cuzco, haciendo temblar al gobierno y venciendo al INCA, quien huyó si organizar la defensa, pero su hijo HUIRACOCHA (Príncipe de los sueños), organizó  la defensa y los venció, persiguiéndolos tenazmente; los fugitivos huyeron hacia la selva norte, pasando por el puente colgante de Apurímac, cortando luego sus cables para libarse de sus perseguidores. Llegaron hasta las orillas del río Mayo y se establecieron en la llanura llamada MUYUPAMPA, y  otros en LAMAS, en el sitio que dieron por nombre ANCOALLO, cuyo barrio existe hasta la  fecha. Posteriormente en el año de 1447, el Inca TUPAC YUPANQUI, mandó a su hijo HUAYNA CAPAC, para que consumase la fundación del reino de los SHIKIS en el Ecuador, llevando muchos indios CHACHAPUYAS Y MUYUPAMPAS, algunos no se quisieron someterse a la           dominación huyendo a la región fluvial de YARAVI Y TRAPICHE, formando la tribu de los  MAYORUNAS. 

EPOCA COLONIAL.- Se refiere hacia la incursión de los españoles hacia los pueblos de la selva: El capitán Alonso de Alvarado, dirige una expedición desde Trujillo, hasta Chachapoyas, para de  allí fundar Moyobamba, acompañado de 13 soldados, entre los cuales estaba Juan Pérez de Guevara, pero no logró cumplir su objetivo y retornó a Chachapoyas, dejando la fundación para  Juan Pérez de Guevara, cuyo nombre primogénito fue Santiago de los 8 Valles. Durante la colonia fue un punto de convergencia y paso forzoso hacia Quito, fue llamada por   entonces la "Metrópolis de Maynas” y se convirtió en la base de las Misiones Colonizadoras de la Selva. Por disputas entre las Misiones Jesuitas y Franciscanos el gobierno español sugiere la conveniencia de constituir la Comandancia General de Maynas con la capital Moyobamba. 

Época de la Independencia.- Los cuatro siglos de dominación española, con la consiguiente esclavitud de los nativos, fue motivo de muchos intentos de rebelión en favor de la emancipación, por casi todos los pueblos del Perú.
La selva no fue ajena a estos intentos, aún antes de la rebelión de Juan Santos Atahualpa. A sólo cuarenta años de la muerte del Inca Atahualpa, a manos de los españoles, QUIRUBA, el gran cacique de los Aguarunas, encendió las hogueras de la guerra en el Marañón.
Una noche, del mes de febrero del año 1575, treinta mil indios bajo su mando, atacaron y destruyeron para siempre a las hidalgas ciudades españolas de Logroño, Valladolid del Perú, Servilla del Oro y Santiago de las Montañas. Luego Juan Santos Atahualpa, el caudillo, se levantó contra las autoridades virreynales el año de 1743, anticipándose 37 años al gran levantamiento del Cacique de Tungasuca, Don José Gabriel Condorcanqui, conocido con el nombre de Túpac Amaru II, realizado en 1780, los mismos que vienen a constituir los primeros precursores de nuestra independencia.
La tea luminosa de la libertad, que se había iniciado, seguía su trayectoria por todos los pueblos del orbe, ya que se habían cansado de tantos años de horror e ignominia y que ansiaban su independencia.
Es así que esta tea se extiende también a Moyobamba, por la acción decisiva de uno de sus hijos Don Pedro Pascasio Noriega, discípulo del Obispo Sánchez Rangel, Subteniente de Milicias. Comerciante que recorrió los ríos Huallaga y Marañón visitando la Costa, donde se entusiasmó por las ideas libertarias, publicando en Lima el 30 de enero de 1819, un folleto quejándose ante el Virrey de los abusos de las autoridades de Moyobamba.
Pascasio Noriega, en uno de sus viajes a la Costa, conoció al Libertador San Martín comprometiéndose a iniciar los levantamientos en Moyobamba, en favor de la Independencia.
San Martín autorizó que con 40 hombres, marcharan de Cajamarca a Chachapoyas y Moyobamba. En Trujillo conoció al Oficial José Matos, que había viajado para cobrar y conducir el contingente fiscal para la Comandancia de Maynas y con quien se familiarizó, revelándole en secreto sus planes y compromisos contraídos con el Libertador.
Esta indiscreción hizo fracasar el primer intento revolucionario y Pascasio no alcanzó a ver sus sueños realizados, pues cayó en manos del Gobernador Manuel Fernández Alvarez y su vida fue cegada por la crueldad de este español, que sin miramientos de ninguna clase lo fusiló en la Plaza de Armas de Moyobamba, el 11 de abril de 1,821, ante la mirada de sus compatriotas, que indignados de tanta crueldad juran en silencio vengar la sangre de este patriota y continuar con sus luchas, hasta conseguir la libertad.
Moyobamba fue considerada como el baluarte de la resistencia de los españoles, por su situación mediterránea y la formación de sus gentes en el aspecto religioso, pues el Obispo Sánchez Rangel se ocupaba desde el púlpito a predicar a los fieles en favor de la corona, pidiéndoles su apoyo incondicional.
Este religioso tildaba a San Martín de "Hijo de la tinieblas", enemigo de Dios, del Rey y de la patria".
El Obispo tenía gran influencia en la población, por ser jefe de la Iglesia en la región. Aquí algunas de sus frases: "Salid al frente de estas gavillas de bandidos y bucones; presentad vuestros pechos al acero, antes de condescender a un juramento que os hace perjuros a vuestro Rey, a vuestra patria y a vuestra región....El hombre nada más de independencia es escandaloso. Huid de él hijos como del infierno.
Habéis jurado obediencia y respeto a vuestra nación española y a vuestro Rey. ¿Cómo habéis de quebrantar este juramento?...
Pero por sobre todo ello, la rebeldía innata de nuestra gente. La mayoría estaba a favor de la independencia y así que cuando la Intendencia de Trujillo proclama la independencia, siguiendo las indicaciones de San Martín, la ruta hacia Maynas quedó abierta y comprendiendo el peligro, el Gobernador Fernández Alvarez y el Obispo Sánchez Rangel, se concentran en Moyobamba para ofrecer la resistencia y contener la avalancha revolucionaria.
Pero el Marquéz Torre Tagle, Presidente de Trujillo, despachó dos comisiones: Una a Otuzco al mando de Santa Cruz y la otra al mando del Comandante Juan Valdiviezo a Maynas, que convierte a Chachapoyas en cuartel general de las fuerzas patriotas, ascendente a 300 hombres.
Hacia ese lugar marchan los españoles con 300 hombres armados al mando de Matos. El encuentro se realiza en "HIGOS URCO", a una jornada de Chachapoyas, librándose la batalla decisiva el 6 de junio de 1,821, siendo derrotado los realistas que regresaron a Moyobamba, dispersándose la mayoría a la selva.
Entonces, el Gobernador Fernández Alvarez, antes de emprender la retirada al pueblo de LAGUNA (donde el 08 de junio de 1,821, escribe una nota al Obispo Sánchez Rangel comunicando la derrota de sus fuerzas en Chachapoyas, la posible pérdida de Maynas y su deseo de regresar a España), solicitó al jefe patriota Valdiviezo, un armisticio, que se concertó el 20 de julio de 1,821, en el pueblo de TAULIA, entre los delegados del Cabildo de Moyobamba, Capitán don Isidoro Reátegui y don Joaquín Ramos y del representante del jefe patriota, Comandante José María Egúzquiza, quien después ocupó la capital de Maynas, por parte de sus tropas.
En los pactos celebrados se acordó: La adhesión de Maynas a la causa de la Independencia de la dominación española y de cualquier otra extranjera, consagrada por el voto unánime de los vecinos de Lima, en Cabildo Abierto realizada el 15 de julio de 1,821.
El Cabildo de Moyobamba, el 14 de agosto, captó y ratificó la Capitulación de TAULIA, señalando para la Jura de la Independencia de Maynas, el domingo 19 de agosto del indicado año.
El día 16, notificó por intermedio del Capitán de Milicias Fernando Sánchez al ex-Gobernador Fernández Alvarez, cuyo paradero se ignoraba, la posibilidad de mantener la dominación realista en su jurisdicción. Congregó en PEVAS a los funcionarios realistas Teniente Coronel José Valdéz, Capitanes Mariano López y José Matos, acordándose abandonar Maynas a los Independientes.
De esta manera Moyobamba proclama su independencia el 19 de Agosto de 1,821.

Época Republicana.- Roto el vínculo colonial, los pueblos de Maynas comenzaron a organizarse política, administrativa y territorialmente.
El Decreto Supremo del 26 de abril de 1,822, firmado por el Supremo Delegado Marquéz de Torre Tagle, consideró a la Ex-Comandancia General de Maynas, como un departamento con el nombre de Quijos con derecho a designar sus diputados.
En 1,825, la Provincia de Maynas pasó a formar parte del Departamento de La Libertad. Esta dependencia duró 7 años, en este lapso la provincia recibió beneficios de orden político, educacional, social y eclesiástico de parte de la Prefectura de Trujillo.
La Ley del 21 de noviembre de 1,832, crea el Departamento de Amazonas con tres provincias: Chachapoyas, Pataz y Maynas.
La Provincia de Maynas se separa de Trujillo y pasa a formar parte de este nuevo departamento, creado durante el gobierno de don Agustín Gamarra a iniciativa de los políticos Chachapoyanos don José Braulio del Campo Redondo y José Modesto de la Vega, amigos personales de Gamarra.
Estos dos señores, aprovechando de sus influencias políticas de los años de 1,830, no sólo trasladan el Obispado de Maynas a Chachapoyas sino que llegaron a anexar la extensa Provincia de Maynas al Departamento de Amazonas, de nueva creación.
Maynas no tuvo en los primeros años de su vida independiente, hijos que defendieran la grandeza política e histórica de su pueblo.
En 1,853, se crea un gobierno político en Loreto, independiente de Amazonas, en las orillas de los ríos Amazonas y Marañón, desde los límites del Brasil, todos los territorios y misiones comprendidas al Sur y al Norte de dichos ríos, conforme al principio de UTI POSIDETTIS adoptado en las repúblicas americanas y al que, en este caso sirve además de regla, la Real Cédula del 15 de julio de 1,802 y los ríos que desaguan en el Marañón, especialmente el Huallaga, Santiago, Morona, Pastaza, Putumayo, Yapurá, Ucayali, Napo, Yavarí y otros conforme lo determina la Real Cédula. Es decir, nuevamente, Moyobamba pasa a formar parte de Loreto como una provincia más.
En 1,857, por Ley de 07 de julio, Moyobamba es declarada capital de la Provincia de Loreto, agregando a dicha provincia los pueblos comprendidos hasta el punto de Pucatambo. En esta situación subsiste hasta el año de 1,897, por lo que la capital de la provincia y departamento de Loreto se traslada a Iquitos, debido al apogeo comercial y la situación geográfica que le permite ser considerada como tal. Desde entonces Moyobamba sufre un rudo golpe en los aspectos político, social, cultural, económico, pues ve con impotencia, cómo sus principales familias se trasladan a la nueva capital y es relegada a un segundo plano.
Con Ley del 13 de octubre de 1,900, se crea en el Departamento de Loreto, la Provincia de Ucayali.
La ley Nº 201 del 04 de setiembre de 1,906, separa de Loreto las provincias de Moyobamba, Huallaga y San Martín, para formar el Departamento de San Martín con su capital Moyobamba, durante el gobierno de don José Pardo.
Los gestores de la creación del Departamento de San Martín, fueron los Senadores don Joaquín Capelo y don Juan M. Loli, por Loreto y Ancash respectivamente. Se aprobó sin mucho debate en las Cámaras, con la observación hecha en lo que se refiere a la capital. La designación de la capital provocó en ambas cámaras legislativas, discusiones acaloradas y apasionadas.
Los Senadores Morey y Capelo opinaban que Tarapoto fuese la capital. El Senador García y los Diputados Lavalle y Valcárcel, defendían como capital a Moyobamba. Puesto el punto a votación, se consiguió 68 votos a favor y 28 en contra.
El Congreso Constituyente de 1,932, entró nuevamente en discusiones acaloradas con motivo de un Proyecto de Ley presentado por el representante don Víctor Arévalo, se volvió a tocar el traslado de la capital del Departamento de San Martín a la ciudad de Tarapoto.
Los representantes del mismo departamento, don César Reátegui Morey y don Esteban Hidalgo, se opusieron tenazmente al pedido del senador Arévalo. Por otra parte Moyobamba con sus cuatro barrios instaló un Comité de Defensa de la capital y su respaldo al Dr. Reátegui Morey e Hidalgo, quedando dicho proyecto en suspenso, pues el Dr. Arévalo no insistió en su pedido.
Si bien es cierto, que en los comienzos de su vida independiente y republicana, Moyobamba tuvo hijos predilectos, que como representantes defendían con calor y altruismo sus proyectos en favor de Moyobamba, tales como: don Julián del Águila, Vicente Nájar, José Reyes Guerra y otros, también es cierto que la obra de estos ilustres patricios quedó en el olvido porque no fue imitada por las generaciones nuevas y porque siempre en Moyobamba, existía el divisionismo y el egoísmo.
En resumen poder decir que Moyobamba como provincia surge desde 1,866, pues al transformarse la Provincia Litoral de Loreto en departamento de Loreto, figura como una de las 4 provincias del departamento de Loreto, según el tenor de la Ley siguiente:
MARIANO IGNACIO PRADO
JEFE SUPREMO PROVISORIO DE LA REPUBLICA
DECRETA:
Art. 1º.- Se erige en Departamento la Provincia Litoral de Loreto.
Art. 2º.- El Departamento de Loreto se compondrá de 4 provincias: La del cercado de Moyobamba, que será formada por los distritos de Moyobamba, Calzada, Habana, Soritor y Rioja; la de Huallaga con su Capital la ciudad de Tarapoto y la formarán los distritos de Tarapoto, Catalina, Sarayacu, Saposoa, Juanjui y Pachiza; la del Alto Amazonas, con su capital Balsapuerto, se compondrá de los distritos de Balsa puerto, Santa Cruz, Lagunas, Cahuapanas, Jeberos y Andoas; la del Bajo Amazonas, con su capital Iquitos y comprende los distritos de Iquitos, Nauta, Parinari, Pebas y Loreto.
Art. 3º.- El distrito de Tingo María, con los pueblos de su comprensión, se agrega a la Provincia de Huánuco en el departamento de Junín.
El Secretario de Estado en el Despacho de Gobierno queda encargado del cumplimiento de este Decreto.
Dado en Casa de Gobierno, en Lima a 7 de febrero de 1866, Mariano I. Prado. J.M. Quimper.
Posteriormente, por Decreto del 11 de setiembre de 1,868, durante el gobierno de don José Balta, se ratifica la creación del Departamento de Loreto, teniendo en cuenta su desarrollo y prosperidad de esa Provincia Litoral, pero siempre con sus 4 provincias incluyendo a Moyobamba con sus 5 distritos y como Capital del departamento de Loreto, del que fue segregada por Ley Nº 201 del 04 de setiembre de 1,906, que crea el Departamento de San Martín.
La Provincia de Moyobamba, actualmente tiene 6 distritos, algunos de los cuales se crearon en los primeros años de su vida independiente y otros existieron en la vida colonial, así tenemos:
El distrito de Moyobamba, que fue creado por Ley del 02 de enero de 1,857.
El distrito de Calzada, creado por Ley del 6 de noviembre de 1,851, fue elevado a la categoría de Villa con el nombre de DULCISIMO CORAZON DE JESUS, ya después fue elevada a la condición de distrito por Ley del 2 de enero de 1,857.
El distrito de Habana, también, fue creada por Ley del 02 de enero de 1,857. El distrito de Soritor, por Ley del 6 de noviembre de 1,851, fue elevada a la categoría de Villa con el nombre de: NUESTRA SEÑORA DEL CARMEN y después por Ley del 2 de enero de 1,857, fue creado como distrito con su capital del mismo nombre. El Distrito de Jepelacio según el Obispo Fray Hipólito Sánchez Rangel y Fayas, existía desde 1,814 como ASIENTO DE JEPELACIO, con 71 hombres y 66 mujeres, fue creado por Ley Nº 4365 del 26 de octubre de 1,921. El distrito de Yantaló fue creado por Ley Nº 10149 del 30 de diciembre de 1,944.

 A partir de 1830, se instalaron en esta ciudad los consulados de Argentina, Brasilia, Colombia, Francia, Alemania, Inglaterra, Holanda, méritos por lo cual, es considerada como “Cuna de la Cultura del Oriente Peruano”. 

 Las tribus que habitaban en esta ciudad eran los Muyupampas, Motilones, Shachapuyos y Moyorunas.  La ciudad de Moyobamba cuenta con los siguiente méritos: 

­ Capital de Maynas. 
­ Capital del departamento de Loreto. 
­ Con fecha 04 de setiembre de 1906 al crearse el departamento de San Martín se le designa como capital del departamento.